研究室の様子・研究設備

研究室


←居室です
1人1台のPCとデスクが用意されます。論文検索、研究発表資料のまとめなどを行います。


実験室です⇒

一列を4人で使っています。ちょっと狭いですが、協力して使っています(現在はコロナの影響で1列を1人で使用です)。ここでは構造解析のためのタンパク質試料の調製、Bufferなどの試薬調製、電気泳動などをします。


←国際交流
共同研究者のPierre-Antoine Defossez先生 (Paris Diderot University) が2019年12月に来日し、Mini Lab Seminarを行いました。
Ferry Mol Cell 2017, Kori Structure 2019で共著で論文を発表し、現在も共同研究が続いています。


学会発表⇒

国内外の学会で積極的に発表してます。学生も口頭発表してます。
エピジェネティクス研究会、日本分子生物学会、蛋白質科学会など

実験設備


←精製:AKTA go (GE Healthcare社)
タンパク質精製の装置です。精製の中盤から後半で使用します。イオン交換カラム、疎水性カラム、グルろ過カラムなどを装置につなげて精製します。エアセンサ―がついており、サンプルのカラムへのロード、カラムの洗浄、サンプルの溶出の一連の流れを自動でできます。タンパク質精製は日常的に行うので、常に稼働している装置です。


精製:AKTA pure (GE Healthcare社)⇒

タンパク質の最終精製や高分離 (強イオンカラムを使用) を目指す時に使います。分離能の高いゲルろ過カラムであるINCREASEカラム (GE Healthcare社) を用いてタンパク質の性状解析にも使います。


←結晶化:タンパク質微量結晶化装置 Crystal Gryphon (Art Robbins Instruments社)

タンパク質溶液と結晶化bufferを混ぜ合わせてシッティングドロップ蒸気拡散法で結晶化します。最小で200 nlの結晶化ドロップが作成できます。結晶化の初期スクリーニングに使います。
Ishiyama Mol Cell 2017, Kori Structure 2019, Jimenji BBRC 2019


精製:HPLC装置 (SHIMAZU社)⇒

ペプチド精製に使います。当研究室では天然変性タンパク質であるヒストンH3のN末端領域や複製因子PAF15を大腸菌で発現させ、最終精製にHPLCを用います。


←解析:CFX Connect (Bio-Rad社)

リアルタイムPCR装置。タンパク質の熱変性温度を観測し、安定性や化合物との結合の評価に使います。
Kori JMB 2020のFig 5の実験で使用しました。


解析:Synergy2 (Biotek社)⇒

384プレートが読み取れる蛍光プレートリーダーです。蛍光強度の観測から酵素反応の追跡が可能です。また、偏光板を入れているので、蛍光偏光解消法による蛍光プローブが付いたペプチドやDNAとタンパク質の相互作用を定量的に解析できます。
Ferry Mol Cell 2017, Kori JMB 2020で使用しました。


←培養:昆虫細胞用培養装置

Sf9細胞の培養に使います。培養温度は27℃です。
 上の段は6穴プレートなどを用いて、細胞を接着させて培養します。ウイルスの増幅時に使用します。
 下の段の培養器では、フラスコに培地を入れ、細胞を浮遊させて培養します。主にタンパク質を発現させる時に使います。
 大腸菌では発現しない分子量の大きいタンパク質のをSf9細胞で発現させます。


培養:INNOVA (エッペンドルフ社)⇒

大腸菌の大量培養に使う培養機です。2台重ねて設置しています。1台で5Lフラスコ (培地2L) が4本入ります。
 培養温度は発現させるタンパク質の種類によって15℃~37℃の間で行います。
 研究室の学生は常に培養していて、よく取り合いになります。


←解析:ChemiDoc (Bio-Rad社)

電気泳動ゲルのイメージャーです。CBBで染色したSDS-PAGEゲルの撮影、ウエスタンブロッティングの検出 (化学発光)、蛍光プローブからの発光の検出ができます。


遺伝子実験:サーマルサイクラー⇒

PCRによる目的のDNAの増幅に使います。TAKARA社とBIORAD社の2台がありますが、どちらもタッチパネルで扱いやすいです。


←保存:極低温フリーザー

左:-80℃に設定された冷凍庫です。精製タンパク質、大腸菌などの生体試料の保存をします。
右:-20℃に設定された冷凍庫です。合成ペプチド、プラスミドDNA、試薬などを保存しています


保存:結晶化インキュベーター⇒

タンパク質の結晶を成長させるためのインキュベーターです。20℃に管理されています。