生命情報科学研究室

日時：週1-2回
講演者：学生・研究員
内容：ディスカッションセミナー

日時：週1回
講演者：学生
内容：情報研セミナー

日時：2019/11/20
講演者：Michael Schnieders さん（Iowa Univ.）
表題：Introduction to Molecular Mechanics Force Fields
　　　Free Energy Calculations on Proteins and Crystals Using Advanced Force Fields

日時：2012/03/30（金）17:00〜
講演者：雨宮崇之 さん（名大 太田研）
表題：TBA

日時：2012/03/22（木）15:00〜
講演者：岡崎圭一 さん（NIH/NIDDK）
表題：Structural Comparison of F1-ATPase:Interplay among Enzyme Structures, Catalysis, and Rotations

日時：2012/03/14（水）15:00〜
講演者：西羽美 さん（NIH/NLM/NCBI）
表題：Phosphorylation in Protein-Protein Binding: Effect on Stability and Function

日時：2010/03/26（金）10:00〜
講演者：松岳大輔 さん（慶応大学）
表題：経験的水和水分布関数を用いた蛋白質水和構造予測および水分子位置評価プログラムの開発

日時：2010/02/10（水）14:40〜
講演者：Dr. Christoph Gerle (京都大学医学部）
表題："Rotor ring structure and function relationship in F- and V-ATPases"

日時：2009/10/28（水）13:30〜
講演者：櫻井乃梨子 さん（奈良女子大学）
表題：たんぱく質分子の分子動力学に対する時系列解析

日時：2009/10/20日（火）14:00〜17:00
講演者：
1.鳥谷部祥一 先生 (中央大学)
2.水野大介 先生 (九州大学)
表題：
1.F1-ATPaseの1分子非平衡熱力学
2.生きている細胞(骨格)の非平衡度と力学物性

日時：2008/10/15（水）15:00〜
講演者：Dr. Aleksei Aksimentiev（Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois at Urbana-Champaign）
表題："Molecular dynamics simulations of DNA micromechanics"

日時：2008/09/01（月）14:00〜
講演者：Prof. Dr. Gerhard Stock（Institute of Physical and Theoretical Chemistry, J. W. Goethe University Frankfurt, Germany）
表題："Modeling the free energy landscape of biomolecules"

日時：2008/06/06（金）15:00〜
講演者：Prof. Michael Feig（Michigan State University）
表題："Implicit modeling of biological environments in sampling and energetics of biomolecules"

日時：2008/03/07（金）16:00〜
講演者：松永 康佑（生体超分子情報科学研究室）
表題：振動数領域での多変量解析によるタンパク質の集団運動の表現 - 従来の主成分解析との比較

日時：2008/01/18（金）16:00〜
講演者：伊藤 祐子（生体超分子情報科学研究室）
表題："Theoretical Analysis of the Reaction Mechanism of Biotin Carboxylase"

日時：2007/11/07（水）15:00〜
講演者：
1.藤崎 弘士 先生（Institute of Physical and Theoretical Chemistry, J. W. Goethe University）
2.八木 清 先生（東京大学・平尾研究室）
表題：
1.ペプチドの構造変化と線形応答理論の成立条件
2.非調和ポテンシャル生成法と振動摂動論の開発

日時：2007/10/12（金）16:00〜
講演者：由良 敬 先生（日本原子力研究開発機構）
表題：

日時：2007/03/01（木）10:00〜
講演者：大森 聡（生体超分子情報科学研究室）
表題：線形応答理論による蛋白質立体構造変化の記述：内部座標系

日時：2007/02/28（水）13:30〜
講演者：大林 加奈子 さん（奈良女子大学）
表題：生体分子の分子動力学に対する時系列解析

日時：2007/02/26（月）14:00〜
講演者：
1.馬場 昭典 先生（神戸大学・小松崎研究室）
2.納多 哲史 さん（神戸大学・小松崎研究室）
表題：
1.生体分子の一分子時系列解析: 局所平衡状態の検出と自由エネルギー地形
2.水の場としての集団運動と生体分子構造転移ダイナミックス

日時：2006/11/27（金）15:00〜
講演者：Dr. Lars Meinhold (Heidelberg University)
表題："PROTEIN DYNAMICS - From Structure to Function"

日時：2006/06/29（水）15:00〜
講演者：Dr. Goran Krilov (Department of Chemistry, Boston Colledge)
表題："New approaches to modeling solvation in biomolecular simulations"

日時：2006/04/28（金）15:00〜
講演者：Dr. William R. Taylor (Division of Mathematical Biology, National Institute for Medical Research, UK)
表題："A 'Periodic Table' for protein structure and its use in de-novo fold prediction"

日時：2006/03/27（月）15:00〜
講演者：Li Chun Biu 博士 (神戸大学)
表題："How can we extract the underlying dynamics from single molecular time series of protein folding?"

日時：2006/03/16（木）
講演者：
1.宮下 治 先生 (University of Arizona)
2.Florence Tama 先生 (University of Arizona)
表題：
1."Interprotein electron transfer from cytochrome c2 to photosynthetic reaction center"
2."Combining high-resolution and low-resolution structural data to explore functionally important motions of biological assemblies"

日時：2006/03/10（金）15:00〜
講演者：Dr. Martin Weik (Laboratory of Molecular Biophysics (LBM), Institute of Structural Biology)
表題："Protein structure and dynamics as studied by X-ray crystallography, neutron scattering and microspectrophotometry"

日時：2005/12/02（金）16:10〜
講演者：高橋 聡 助教授（大阪大学蛋白質研究所）
表題：蛋白質の折り畳みダイナミクス研究：バルク観察と1分子観察によるアプローチ

日時：2005/11/04（金）14:00〜
講演者：
1.富井 健太郎 博士（産業総合科学研究所　生命情報科学研究センター）
2.廣明 秀一 準教授（横浜市立大学大学院）
表題：
1."How to identify the best 3D-model?"
2.NMRを利用した新規タンパク質ドメインハンティングの問題点

日時：2005/10/04（火）13:30〜
講演者：戸田 幹人 助教授（奈良女子大学）
表題：モデルたんぱく質の分子動力学に対するウエーブレット解析

日時：2005/08/25（木）13:30〜
講演者：森次 圭 博士（Universitaet Heidelberg）
表題："Langevin Model of Protein Dynamics"

日時：2005/08/03（水）14:00〜
講演者：下野 和実 博士（理化学研究所　ゲノム科学総合研究センター）
表題：

日時：2005/07/15（金）15:00〜
講演者：Dr. S. J. Hayward (School of Computing Sciences and School of Biological Sciences, University of East Anglia, England)
表題："A comprehensive and non-redundant database of protein domain movements"

日時：2005/06/17（金）16:00〜
講演者：磯貝 泰弘 先任研究員（理化学研究所　放射光科学総合研究センター）
表題：

日時：2005/03/14（金）16:00〜
講演者：小池 亮太郎（生体超分子情報科学研究室）
表題：

日時：2005/02/18（金）15:00〜
講演者：塩生 真史 博士 (長浜バイオ大学)
表題：選択的スプライシングが蛋白質立体構造・機能に及ぼす影響の評価

日時：2005/01/21（金）16:00〜
講演者：中尾 正治（生体超分子情報科学研究室／JST-CREST）
表題：

日時：2004/11/12（金）15:00〜
講演者：Dr.Noppadon Khiripet(National Electronics and Computer Technology Center in Thailand)
表題：

日時：2004/08/09（月）13:30〜
講演者：森次 圭 博士（Universitaet Heidelberg）
表題："Langevin Model of Protein Dynamics"

日時：2004/08/05（木）14:00〜
講演者：Dr. Scott Feller (Wabash College, USA）
表題："Molecular Dynamics Simulations of Polyunsaturated Lipids and Their Interactions with Rhodopsin "

日時：2004/07/016（金）14:00〜
講演者
1. M. Ikeguchi (Yokohama City University)
2. J. Kleinjung (Free University of Amsterdam)
3. Y. Sugita (The University of Tokyo)
4. M. Ota (Tokyo Institute of Technology)
表題
1. "MARBLE：Partial Rigid Body Dynamics for Proteins and Membranes"
2. "Unfolding simulations by leap-dynamics"
3. "Molecular Mechanism of Coorpertive Ca2+-binding by Ca2+-ATPase"
4. "Alignment and Classification of Protein Folding Trajectories"

日時：2004/05/21（金）
講演者：金城 玲 博士（国立遺伝学研究所助手）
表題：Stabilization Mechanism of Halophilic Proteins:Comparative and Model Studies from Electrostatic Perspective.

日時：2004/04/23（金）
講演者：渕上　壮太郎（情報科学研究室）
表題：ランダム・ポリペプチドからタンパク質へ：亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション

日時：2004/01/24
講演者：柴山　修哉（自治医科大学・生理学講座・生物物理学部門）
表題：ゾル・ゲル法を用いたタンパク質ダイナミクスのスローモーション化

日時：2003/11/19
講演者：Dr.　Noppadon Khiripet(National Electronics and Computer Technology Center in Thailand)
表題："A Data Mining　Framework for Identifying Common Genes"

日時：2003/11/06
講演者：Dr. S. J. Hayward（School of Computing Sciences, University of East Anglia, England）
表題："Ligand Induced Closure in Domain Enyzmes"

日時：2003/10/24
講演者：木寺　詔紀（情報科学研究室）
表題："Protein motions represented in moving normal mode coordinates"

日時：2003/10/10
講演者：佐藤　美和（情報科学研究室）
表題："Conformational Dynamics of the F1-ATPase β-Subunit:A Molecular Dynamics Study　(論文紹介）"

日時：2003/09/19
講演者：橋戸　公則（情報科学研究室）
表題：Aquaporin-1の分子動力学シミュレーション

日時：2003/09/05
講演者：木下　賢吾（情報科学研究室）
表題：タンパク質表面の形状及び物性の類似性検索に基づく機能予測

日時：2003/07/11
講演者：小池　亮太郎（情報科学研究室）
表題：

日時：2003/06/27
講演者：池口　満徳（情報科学研究室：助教授）
表題：

日時：2003/06/07
講演者：木寺　詔紀（情報科学研究室：教授）
表題："Conformational Change: Shift of equilibrium distributions."

日時：2003/05/23
講演者：佐藤　美和（情報科学研究室)
表題：タンパク質の構造変化に関する研究

日時：2003/04/18
講演者：苙口　友隆（東京大学）
表題：分子動力学法を用いた、N末近傍の構造のみに違いがあるα-ラクタルブミンの野生型と組換え体のアンフォールディング解析

日時：2003/03/07
講演者：森次　圭(情報科学研究室)
表題：動的な座標系のモデルによる蛋白質ダイナミクスの解析

日時：2002/11/29
講演者：上野　次郎(情報科学研究室)
表題：線形応答モデルを用いた蛋白質の立体構造変化の算出

日時：2002/10/18
講演者：黒田　裕（理研GSC）
表題：単純化したアミノ酸配列でタンパク質の折り畳み機構を調べる

日時：2002/10/04
講演者：橋戸　公則（情報科学研究室）
表題：生体膜の分子動力学シミュレーション

日時：2002/09/26
講演者：金　在吉（生物情報解析研究センター）
表題："Stochastic model of the sampling method in multicanonical ensemble"

日時：2002/09/18
講演者：秋山　良（コーネル大）
表題：ＣＯ結合型ミオグロビンのＡ-Ｓｕｂｓｔａｔｅの帰属：分子動力学シミュレーションと赤外振動エコー実験

日時：2002/09/13
講演者：宮崎　哲（東京大学大学院理学系研究科　生物化学専攻）
表題："Characterization and prediction of linker sequences of multi-domain proteins by a neural network"

日時：2002/09/16
講演者：森次　圭（情報科学研究室）
表題：動的なモード座標系として表現されるタンパク質のダイナミクス

日時：2002/07/12
講演者：池口　満徳（情報科学研究室：助教授）
表題：最近の分子動力学法

日時：2002/07/05
講演者：宮下　治 (University of California at San Diego)
表題："Energy Surface of Protein Conformational Change Studied by Elastic Theory"

日時：2002/06/07
講演者：小池　亮太郎（情報科学研究室）
表題：β蛋白質のフォールド分類

日時：2002/05/31
講演者：木下　賢吾（情報科学研究室）
表題：モノヌクレオチド結合蛋白質の博物学

日時：2002/05/17
講演者：加藤　雅樹（情報科学研究室）
表題：分子認識に伴う構造変化データベースとその解析　〜その２〜

日時：2002/04/26
講演者：杉田　有治（東京大学分子細胞生物学研究所）
表題：レプリカ交換法の拡張と蛋白質研究への応用

日時：2002/04/19
講演者：木寺　詔紀（情報科学研究室）
表題：蛋白質間相互作用・・・その分子的描像

日時：2002/03/06
講演者：上野　次郎（情報科学研究室）
表題：DHFRの機能とB-factor

日時：2002/03/06
講演者：橋戸　公則（情報科学研究室）
表題：生体膜の機能

日時：2002/03/01
講演者：森次　圭（情報科学研究室）
表題：基準振動を用いた蛋白質のダイナミクスの理解

日時：2002/02/19
講演者：Dr Steven J Hayward (School of Information Systems University of East Anglia）
表題："Understanding Protein Functional Movements through Simulation and Construction of a Database"

日時：2002/02/15
講演者：西岡　孝明（京都大学農学部）
表題：微生物のゲノムからメタボローム化学分析まで

日時：2002/02/01
講演者：太田　元規（国立遺伝学研究所生命情報研究センター）
表題：酵素の構造安定性予測を利用した機能部位予測

日時：2002/01/25
講演者：小池　亮太郎（情報科学研究室）
表題：フォールドを越えたタンパク質立体構造の類似性

日時：2002/01/18
講演者：城地　保昌（情報科学研究室）
表題：X線結晶回折データを用いた蛋白質の動的構造精密化法の開発とその応用

日時：2001/12/25
講演者：水口　賢司　(Wellcome Trust Research Career Development Fellow, Department of Biochemistry, University of Cambridge)
表題："Analysis of genome sequences using FUGUE"

日時：2001/12/21
講演者：寺田　透（理化学研究所　ゲノム科学総合研究センター）
表題："Free energy landscape of protein"

日時：2001/12/07
講演者：石田　恒（日本原子力研究所 計算科学技術推進センター量子生命情報解析グループ）
表題：7,8-dihydro-8-oxoguanine DNAの分子動力学

日時：2001/11/30
講演者：木下賢吾（情報科学研究室）
表題：立体構造を手がかりにタンパク質の進化を考える

日時：2001/11/16
講演者：池口満徳（情報科学研究室）
表題："transport across membrane"

日時：2001/11/11
講演者：木寺詔紀（情報科学研究室）
表題：all-? proteinの構造分類

日時：2001/10/26
講演者：上野次郎（情報科学研究室）
表題：DHFRの構造と機能

日時：2001/10/21
講演者：橋戸公則（情報科学研究室）
表題：バクテリオロドプシンの機能と構造

日時：2001/10/11
講演者：木原大亮（ドナルドダンフォース植物科学センター）
表題：タンパク質のab initio予測の話

日時：2001/09/28
講演者：加藤雅樹（情報科学研究室）
表題：分子認識に伴う構造変化データベースとその解析　〜その１〜

日時：2001/09/21
講演者：小池亮太郎（情報科学研究室）
表題：Probabilistic Alignmentの構築

日時：2001/09/14
講演者：肥後順一（東京薬科大学・生命科学）
表題："Folding(Energy Landscape of Peptide) Hydration of Proteins(Active Role of Water in the Molecular Recogniton)"

日時：2001/09/07
講演者：森次圭（情報科学研究室）
表題：タンパク質内の振動エネルギー移動

日時：2001/07/27
講演者：城地保昌（情報科学研究室）
表題：高分解能X線結晶回折データを用いたタンパク質の動的構造精密化と”Maximam　Likelihood”

日時：2001/07/13
講演者：Eok Kyun Lee教授（Korean Advanced Institute of Science and Technology化学科）
表題："Relation between relaxation and information loss"

日時：2001/07/06
講演者：長野希美（産業技術総合研究所　生命情報科学研究センター）
表題：Glycosidase TIMバレルスーパーファミリーの構造・配列・機能の系統的解析

日時：2001/06/29
講演者：定浪圭史（情報科学研究室）
表題：糖結合蛋白質複合体データベースの作成とその応用（基質結合部位の比較）に向けて

日時：2001/06/15
講演者：寺田透（情報科学研究室）
表題：マルチカノニカル法とその周辺

日時：2001/06/15
講演者：木下賢吾（情報科学研究室）
表題：タンパク質表面形状と物性の類似性検索法の開発など

日時：2001/05/29
講演者：池口満徳（情報科学研究室）
表題：３次元格子積分方程式法と分子動力学法