COOTの基本的な使い方をまとめたマニュアル(PDF)(構造生物学実習のテキスト)
label a/100/ca, "R100" << chain Aの残基番号100番のCA原子位置にR100とラベルを入れる。
setコマンドで、label_color, label_size (default=14)等を変更する。
もしくはSetting > Edit All...でパラメーターを編集する。
label_font_idは7か9がよさげ。(default=5)
微調整はメニューのMouseでマウスの設定をEditing mode (2 or 3 button)に変えて、Ctl+dragでラベルを移動させる。
ステレオ(Wall-Eye)にして、rayを実行。
ray 3000, 2000とか。
png filename.png
で書き出し、ラベルの色はphotoshopで好みの色に変更する。
自動選択ツールで文字を選び、編集>塗りつぶし で色を指定する。
コマンドラインでcartoon loop, chain a+bと入力すれば、chainごとにcartoonのタイプを指定できる。 Setting > Edit All..でパラメータ指定するか、setコマンドを使ってパラメータを入力する。
show cartoon, chain a+b
set cartoon_loop_radius=0.2
set stick_radius=0.2 << loopと太さをそろえるときれい
set stick_ball=on
set stick_ball_ratio=1.2 << molscriptのようにball-and-stickが好きな人はこれで
set sphere_scale,0.5, chain s << chain sの球の大きさだけ0.5になる
CCP4形式の電子密度を用意する。今回は2fofc_map.ccp4。拡張しは.ccp4にする必要あり?
load refmac2.pdb
load 2fofc_map.ccp4,map1
isomesh msh1,map1,1.0
isomesh msh1,map1,1.0,resid 666 and chain a,carve=2.0
set mesh_radius = 0.01
bg_color white
Setting > Colors...を開きRGBの値を0-1の範囲で指定し、色に名前をつけてApply。 その後このSessionではその色を指定できる。
PyMOLで二次構造を設定する場合、以下のようなコマンドを入力し、cartoon表示すればよい。
alter a/12/, ss='l'
alter a/13:22/, ss='s'
alter a/23:32/, ss='l'
alter a/33:40/, ss='s'
alter a/41:42/, ss='l'
alter a/43:46/, ss='s'
alter a/47:54/, ss='l'
alter a/55:63/, ss='s'
alter a/64:65/, ss='l'
alter a/66:74/, ss='s'
alter a/74:76/, ss='l'
alter a/77:88/, ss='s'
alter a/89:90/, ss='l'
alter a/91:99/, ss='s'
alter a/100:106/, ss='l'
alter a/107:114/, ss='h'
alter a/115:122/, ss='l'
hide all
show cartoon
align a/*/ca, b/*/ca Cα原子でA chainをB Chainに重ねる。親切にRMSDも出力される。
align a/*/ca x/*/ca, b/*/ca y/*/ca
複合体同士を重ねることもできる。
align aaa, bbb
aaaが動いてbbbに重ねられる。(bbbは動かない)
メニューから、Wizard > Measurementを選択後、原子を2つクリックすると結合を示す点線と結合距離が出る。
Rayを実行したときに、丸っこい点線にしたいなら、例えば、
set dash_gap=0.5
set dash_length=0.01
set dash_width=1.7
set dash_color=orange
お好みで適当に変えると良い。
set ray_trace_mode,2
set antialias,2
ray
set ray_opaque_background, off
を入力後、rayを実行
symexp sym,set,set,5.0
set.pdbのまわり5Aにある対称分子を表示する。
show cell
で、格子も表示される。
set bonddistance 2.6;
ball-and-stick either require in residue A3 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A20 and either atom CA, atom CB or atom SG;
ball-and-stick either require in residue A7 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A22 and either atom CA, atom CB or atom SG;
ball-and-stick either require in residue A15 and either atom CA, atom CB or atom SG or require in residue A32 and either atom CA, atom CB or atom SG;
------
Last update
2010-06-22
access from 2008-07-29