Taneda T, Zhu W, Cao Q, Watanabe H, Yamaguchi Y, Handa H, and Wada T. Erythropoiesis is regulated by the transcription elongation factor Foggy/Spt5 through gata1 gene regulation. Genes Cells 16: 231-242, 2011.
転写伸長因子DSIFを構成するSpt5タンパク質のゼブラフィッシュ胚における合成阻害を、核酸類縁体モルフォリノオリゴヌクレオチドを使用してアンチセンス法により実施した。その結果、DSIFによる転写伸長制御と赤血球分化の関連が示唆された。

Kim S, Yamamoto J, Chen Y, Aida M, Wada T, Handa H, and Yamaguchi Y. Evidence that cleavage factor Im is a heterotetrameric protein complex controlling alternative polyadenylation. Genes Cells 15: 1003-1013, 2010.
mRNAの3’末端プロセッシング因子CFImはヘテロ四量体として転写産物の3’非翻訳領域内に存在する複数のポリＡサイトの選択に関与することを示した。

Hara M, Mori M, Wada T, Tachibana K, and Kishimoto T. Start of the embryonic cell cycle is dually locked in unfertilized starfish eggs. Development 136: 1687-1696, 2009.
ヒトデ未受精卵成熟過程におけるMos→MAPK→Rskシグナル系は、Rskを介してDNA合成を阻害しG1期停止を誘導する活性と、受精までの間にRskに依存しないMAPKによるM期停止の2つの細胞周期停止メカニズムによって受精時の細胞周期開始を制御していることを見出した。

Shimizu N, Yoshikawa N, Wada T, Handa H, Sano M, Fukuda K, Suematsu M, Sawai T, Morimoto C, and Tanaka H: Tissue- and context-dependent modulation of hormonal sensitivity of glucocorticoid-responsive genes by HEXIM1. Mol Endocrinol. 22: 2609-2623, 2008.
転写制御因子Hexim1がグルココルチコイドレセプターの特異性を決めている可能性を提示した。

Ando K, Hirao S, Kabe Y, Ogura Y, Sato I, Yamaguchi Y, Wada T, and Handa H: A new APE1/Ref-1-dependent pathway leading to reduction of NF-κB and AP-1, and activation of their DNA-binding activity. Nucleic Acid Res. 36:4327-4336, 2008.　
APE/Ref-1はNF-κBやAP-1タンパク質に直接結合して還元作用を示し、そのシャペロン活性によりNF-κBやAP-1のDNA結合活性を増強することを見出した。

Yoshida M, Kabe Y, Wada T, Asai A, and Handa H: A new mechanism of 6-((2-(dimethylamino)ethyl)amino)-3-hydroxy-7H-indeno(2,1-c)quinolin-7-one dihydrochloride (TAS-103) action discovered by target screening with drug-immobilized affinity beads. Mol Pharmacol. 73: 987-994, 2008.　
抗がん剤として開発されたTAS-103に結合する因子としてシグナル認識粒子(SRP)を形成するサブユニットの一つであるSRP54を同定した。細胞にTAS-103を添加するとSRP複合体の分離が誘導され、少なくともSRP14とSRP19の量が減少することを見出した。

Kuraoka I, Ito S, Wada T, Hayashida M, Lee L, Saijo M, Nakatsu Y, Matsumoto M, Matsunaga T, Handa H, Qin J, Nakatani Y, and Tanaka K: Isolation of XAB2 complex involved in pre-mRNA splicing, transcription and transcription-coupled repair. J Biol Chem, 283: 940-950, 2008.　
xeroderma pigmentosum group(XPG) Aタンパク質に結合する因子として単離されたXAB2はhAquarius、hPRP19、CCDC16、hISY1およびPPIEと複合体を形成することがわかった。また、HeLa細胞でXAB2の発現抑制を行うとUV感受性が増大することも明らかにした。

Agawa Y, Sarhan M, Kageyama Y, Akagi K, Takai M, Hashiyama K, Wada T, Handa H, Iwamatsu A, Hirose S, and Ueda H: Drosophila Blimp-1 is a transient transcriptional repressor that controls timing of the ecdysone-induced developmental pathway. Mol Cell Biol 27: 8739-8747, 2007.　
ショウジョウバエのftz-f1遺伝子のプロモーター領域内に結合し転写反応を抑制する因子としてdBlimp-1を同定した。dBlimp-1は、昆虫ホルモンエクダイソンによって誘導される過程でその分化タイミングを決定するのに重要な役割を演じていることを示した。

Zhu W, Wada T*, Okabe S, Taneda T, Yamaguchi Y and Handa H*: DSIF contributes to transcriptional activation by DNA-binding activators by preventing pausing during transcription elongation. Nucleic Acid Res 35: 4064-4075, 2007. (*責任著者)
転写因子DSIFは転写伸長反応を促進する活性を有することを明らかにしてきたが、そのメカニズムは不明であった。本論文では、組換えタンパク質と試験管内転写実験により、DNA結合性転写活性化因子の転写促進の際に生じる伸長反応の一時停止をDSIFが解除することにより、RNAポリメラーゼIIの鋳型上での連続移動性（プロッセシビティ）を維持することを明らかにした。

Yokoyama N, Kawano M, Tsukamoto H, Enomoto T, Inoue T, Takahashi R, Nakanishi A, Imai T, Wada T, and Handa H: Mutational analysis of the carboxyl-terminal region of the SV40 major capsid protein VP1. J Biochem 141: 279-286, 2007.　
我々は試験管内でSV40がコードするキャプシドタンパク質VP1が粒子を形成することを報告している。本論文ではVP1のC末側領域の種々の変異体を作製し、粒子形成に責任あるドメインを明らかにした。

Yamamoto N, Suzuki M, Kawano M, Inoue T, Takahashi R, Tsukamoto H, Enomoto T, Yamaguchi Y, Wada T, and Handa H: Adeno-associated virus site-specific integration is regulated by TRP-185. J Virol 81:1990-2001, 2007.
アデノ随伴ウイルス（AAV）はヒト19番染色体のAAVS1座にインテグレーションする。本論文では、そのインテグレーションにAAVがコードするRepタンパク質と宿主細胞由来のTRP-185タンパク質が機能的に相互作用して反応促進することを見出した。

Yugami M, Kabe Y, Yamaguchi Y, Wada T, and Handa H: hnRNP-U enhances the expression of specific genes by stabilizing mRNA. FEBS Lett 581:1-7, 2007.
本論文では、hnRNP-UがTNFα mRNAの3’非翻訳領域に結合してmRNAの安定化に寄与し、GADD45A、HEXIM1、 HOXA2、 IER3、 NHLH2およびZFY遺伝子のmRNAに関しても同様の効果を示すことを明らかにした。

Kubo T, Wada T*, Yamaguchi Y, Shimizu A and Handa H*: Knock-down of 25 kDa subunit of cleavage factor Im in HeLa cells alters alternative polyadenylation within 3’-UTRs. Nucleic Acid Res 34: 6264-6271, 2006. (*責任著者)
高等真核生物の約50%の遺伝子において1つの遺伝子上に複数のポリAサイトが存在することが分かっている。また、ポリAサイトのどれを使用するかは、発生時期や組織において特異的に制御されている。本研究では、3’末端プロセッシング因子であるCFImのサブユニットCFIm25をRNAi法によりヒトHeLa細胞でノックダウンしノーザンブロット法により解析した。その結果、CFImがポリAサイト選択に寄与することを世界で最初に明らかにした。

Aida M, Chen Y, Nakajima K, Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: Transcriptional pausing caused by NELF plays a dual role in regulating immediate-early expression of the junB gene. Mol Cell Biol 26: 6094-6104, 2006.
クロマチン免疫沈降法により、炎症性サイトカインIL-6で発現誘導されるjunB遺伝子の転写開始点から約50塩基対下流に、DSIF・NELF依存的にRNAポリメラーゼII がRNA合成反応を一時停止した状態で存在することを明らかにした。また、IL-6による発現誘導後も一時停止が持続することから、後続のRNAポリメラーゼIIも次々とDSIF・NELFの作用で一時的に伸長反応を停止することが示唆された。

Ogura Y, Azuma M, Tsuboi Y, Kabe Y, Yamaguchi Y, Wada T, Watanabe H and Handa H: TFII-I down-regulates a subset of estrogen-responsive genes through its interaction with an initiator element and estrogen receptor alpha. Genes Cells 11: 373-381, 2006.
転写因子TFII-Iはエストロゲン応答性遺伝子群のイニシエーター領域に結合し、エストロゲン受容体αと相互作用して転写反応を抑制することを見出した。

Kawano MA, Inoue T, Tsukamoto H, Takaya T, Enomoto T, Takahashi RU, Yokoyama N, Yamamoto N, Nakanishi A, Imai T, Wada T, Kataoka K and Handa H: The VP2/VP3 minor capsid protein of simian virus 40 promotes the in vitro assembly of the major capsid protein VP1 into particles. J Biol Chem 281: 10164-10173, 2006.　
サルに感染するSV40がコードするキャプシドタンパク質VP1は、試験管内で至適条件下で粒子を形成させることができる。ここにキャプシドタンパク質VP2/Vp3を添加すると、粒子形成促進が生じることを明らかにした。　

Urano A, Endoh M, Wada T, Morikawa Y, Itoh M, Kataoka Y, Taki T, Akazawa H, Nakajima H, Komuro I, Yoshida I, Hayashi Y, Handa H, Kitamura T and Nosaka T: Infertility with defective spermiogenesis in mice lacking AF5q31, the target of chromosomal translocation in human infant leukemia. Mol Cell Biol 25:6834-6845, 2005.　
小児急性骨髄性白血病に関連する遺伝子MLLの転座と関係するAF5q31遺伝子を欠失したノックアウトマウスを作製した結果、AF5q31は精子形成と密接に関連することが明らかになった。

Dele´houze´e S, Yoshikawa T, Sawa C, Sawada J, Ito T, Omori M, Wada T, Yamaguchi Y, Kabe Y and Handa H: GABP, HCF-1 and YY1 are involved in Rb gene expression during myogenesis. Genes Cells 10: 717-731, 2005.　
筋分化の際に発現上昇が認められるRb遺伝子のプロモーター領域において、転写因子GABP、HCF-1およびYY1が協調して作用することを見出した。　　　　　　　　　　

Kabe Y, Yamada J, Uga H, Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: NF-Y is essential for the recruitment of RNA polymerase II and inducible transcription of several CCAAT box-containing genes. Mol Cell Biol 25: 512-522, 2005.
転写因子NF-Yは破骨細胞分化因子(ODF)の遺伝子のプロモーター領域内に存在するCCAATボックスに結合して基本レベルの転写を制御することを見出した。さらに、NF-YはCYP24遺伝子やE2F1遺伝子のプロモーター領域内のCCAATボックスにも結合し、ヒストンH4のアセチル化に依存せずに転写を制御することを明らかにした。

Parent M, Yung TM, Rancourt A, Ho EL, Vispe S, Suzuki-Matsuda F, Uehara A, Wada T, Handa H and Satoh MS: Poly(ADP-ribose) polymerase-1 is a negative regulator of HIV-1 transcription through competitive binding to TAR RNA with Tat.positive transcription elongation factor b (p-TEFb) complex. J Biol Chem 280: 448-457, 2005.
ポリADPリボシル化反応に関与するPARP-1は、HIV-1のコードするTatがP-TEFbと協調してTAR RNAに結合することと競合することを見出した。

Sawa C, Nedea E, Krogan N, Wada T, Handa H, Greenblatt J and Buratowski S: Bromodomain factor 1 (Bdf1) is phosphorylated by protein kinase CK2. Mol Cell Biol 24: 4734-4742, 2004.　
出芽酵母TFIIDと相互作用するBdf1の生化学的および遺伝学的解析から、タンパク質リン酸化酵素カゼインキナーゼ2によるBdf1のリン酸化が転写制御に寄与することを示唆した。

Mandal SS, Chu C, Wada T, Handa H, Shatkin AJ and Reinberg D: Functional interactions of RNA-capping enzyme with factors that positively and negatively regulate promoter escape by RNA polymerase II. Proc Natl Acad Sci USA 101: 7572-7577, 2004.
試験管内転写系を用いてRNAキャッピング酵素と転写因子DSIFやNELFとの相互作用を解析し、DSIFがキャッピング酵素の鋳型上へのリクルートに重要なこととNELFとキャッピング酵素が拮抗しながら働くことを明らかにした。

Endoh M, Zhu W, Hasegawa J, Watanabe H, Kim DK, Aida M, Inukai N, Narita T, Yamada T, Furuya A, Sato H, Yamaguchi Y, Mandal SS, Reinberg D, Wada T and Handa H. Human Spt6 stimulates transcription elongation by RNA polymerase II in vitro. Mol Cell Biol 24: 3324-3336, 2004.　
酵母遺伝学から転写因子Spt6はDSIFを構成するヒトSpt5・Spt4とファミリーを形成することがわかっていた。本論文では、生化学的アプローチにより、ヒトSpt6がDSIFと協調してRNAポリメラーゼIIによる転写伸長反応を促進することを世界で初めて明らかにした。

Hasegawa J, Endou M, Narita T, Yamada T, Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: A rapid purification method for human RNA polymerase II by two-step affinity chromatography. J Biochem 133: 133-138, 2003.　
ヒトRNAポリメラーゼIIをHeLa細胞から簡便に活性を保持した状態でしかも高純度で精製するための細胞株を樹立し、併せて精製法を確立した。

Ohbayashi T, Shimada M, Nakadai T, Wada T, Handa H and Tamura T: Vertebrate TBP-like protein (TLP/TRF2/TLF) stimulates TATA-less terminal deoxynucleotidyl transferase promoters in a transient reporter assay, and TFIIA-binding capacity of TLP is required for this function. Nucleic Acids Res 31: 2127-2133, 2003.　
TATAボックス結合タンパク質TBPに類似したTLPは、TATAボックスを含まないTdTプロモーターからの転写を促進し、この活性には基本転写因子TFIIAとの相互作用が重要であることを見出した。

Shima D, Yugami M, Tatsuno M, Wada T, Yamaguchi Y and Handa H: Mechanism of H-8 inhibition of cyclin-dependent kinase 9: study using inhibitor-immobilized matrices. Genes Cells 8: 215-223, 2003.　
独自に開発したラテックス粒子表面に種々のP-TEFb活性阻害剤を固定化してそれら薬剤の阻害メカニズムを解析した。　　　　　　　　　　　　　　　　　

Narita T, Yamaguchi Y, Yano K, Sugimoto K, Chanarat S, Wada T, Kim DK, Hasegawa J, Omori M, Inukai N, Endoh M, Yamada T and Handa H: Human transcription elongation factor NELF: identification of novel subunits and reconstitution of the functionally active complex. Mol Cell Biol 23: 1863-1873, 2003.　
5種類のポリペプチドより構成される転写因子NELFの生化学的解析を組換えタンパク質を用いて行い、機能的な活性化状態になるために必要なそれぞれのポリペプチドの相互作用を明らかにした。

Kuraoka I, Endou M, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H and Tanaka K: Effects of endogenous DNA base lesions on transcription elongation by mammalian RNA polymerase II. Implications for transcription-coupled DNA repair and transcriptional mutagenesis. J Biol Chem 278: 7294-7299, 2003.
転写反応に共役したDNA修復機構を解析する目的で、DNA鋳型に種々の損傷を人工的に導入し、試験管内転写反応系で解析したところ、8-oxoguanineが挿入されているとRNAポリメラーゼIIの反応一時停止が生じることがわかった。　　　　　　　　　　　　

Kim DK, Inukai N, Yamada T, Furuya A, Sato H, Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: Structure-function analysis of human Spt4: evidence that hSpt4 and hSpt5 exert their roles in transcriptional elongation as parts of the DSIF complex. Genes Cells 8: 371-378,2003.

Yamaguchi Y, Inukai N, Narita T, Wada T and Handa H: Evidence that negative elongation factor represses transcription elongation through binding to a DRB sensitivity-inducing factor/RNA polymerase II complex and RNA. Mol Cell Biol 22: 2918-2927,2002.　
転写因子NELFを構成する4つのサブユニットに関する生化学的解析から、NELFのRNA結合活性が転写伸長反応阻害には必須で、(DSIF-RNA)ポリメラーゼII複合体にNELFは相互作用することを見出した。

Renner DB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H and Price DH: A highly purified RNA polymerase II elongation control system. J Biol Chem 276: 42601-42609, 2001.
高度に精製された試験管内転写反応系を用いて、転写因子DSIF、NELFおよびTFIIFが制御する転写伸長反応を解析する実験系を確立した。

Yamaguchi Y, Filipovska J, Yano K, Furuya A, Inukai N, Narita T, Wada T, Sugimoto S, Konarska MM and Handa H: Stimulation of RNA polymerase II elongation by hepatitis delta antigen. Science 293: 124-127, 2001.　
転写伸長因子NELFを構成する５つのサブユニット（分子量順にNELF-A、B、C、D、E）の解析から、NELF-Aは部分的にHDV（hepatitis D virus：D型肝炎ウイルス）のコードするデルタ抗原と高い相同性を示すことが分かった。デルタ抗原はNELF活性と拮抗して働くことから、NELFの機能は細胞の恒常性維持に重要で、その制御攪乱によってウイルス感染が成立することを示した。

Guo S, Yamaguchi Y, Schilbach S, Wada T, Lee J, Goddard A, French D, Handa H and Rosenthal A: A regulator of transcription elongation controls vertebrate neuronal development. Nature 408: 366-369, 2000.
行動異常を示すゼブラフィッシュ変異体解析により、DSIFのサブユニットの１つであるSpt5のカルボキシル末端領域の１アミノ酸の変異が神経細胞の分化異常を誘発することを発見した。転写伸長反応制御が脊椎動物の分化と深く関連することを世界で初めて示した。

Wada T, Orphanides G, Hasegawa J, Kim DK, Shima D, Yamaguchi Y, Fukuda A, Hisatake K, Oh S, Reinberg D and Handa H: FACT relieves DSIF/NELF-mediated inhibition of transcriptional elongation and reveals functional differences between P-TEFb and TFIIH. Mol Cell 5: 1067-1072, 2000.
組換えタンパク質と高純度に精製したタンパク質のみを用いた試験管内転写実験により、酵母遺伝学からDSIFと機能的相互作用が予想されたFACTがP-TEFbと協調して、DSIF・NELFによる転写伸長抑制を部分的に解除することを発見した。さらに、P-TEFbと同種のタンパク質リン酸化酵素TFIIHのリン酸化活性は、DSIF・NELFの転写伸長抑制解除と関係しないことも併せて明らかにした。

Kabe Y, Goto M, Shima D, Imai T, Wada T, Morohashi K, Shirakawa M, Hirose S and Handa H: The role of human MBF1 as a transcriptional coactivator. J Biol Chem 274: 34196-34202, 1999.　
転写因子ヒトMBFのcDNAを単離し生化学的に解析したところ、ヒトMBFは転写因子Ad4BP/SF-1と結合することによって細胞質から核内に移行し、転写反応を制御することがわかった。

Kim JB, Yamaguchi Y, Wada T, Handa H and Sharp PA: Tat-SF1 associates with Rap30 and hSpt5 proteins. Mol Cell Biol 19: 5960-5968, 1999.
エイズウイルスのゲノム転写を促進する因子として同定されたTat-SF1は転写因子Rap30おおびヒトSpt5と相互作用することがわかった。また、Tat-SF1とヒトSpt5は協調してレポーター遺伝子の活性化を誘導した。

Tsutsui H, Geltinger C, Murata T, Itakura K, Wada T, Handa H and Yokoyama KK: The DNA-binding and transcriptional activities of MAZ, a Myc-associated zinc finger protein, are regulated by casein kinase II. Biochem Biophys Res Commun 262: 198-205, 1999.
転写因子MAZのN末より480番目のセリン残基がカゼインキナーゼIIによりリン酸化されることがわかり、このリン酸化はMAZのDNA結合活性に重要であった。MAZの点変異体の解析から480番目のセリンのリン酸化はMAZの転写活性化にも必須であることがわかった。

Yamaguchi Y, Takagi T, Wada T, Yano K, Furuya A, Sugimoto S, Hasegawa J and Handa H: NELF, a multisubunit complex containing RD, cooperates with DSIF to repress RNA polymerase II elongation. Cell 97: 41-51, 1999.　
転写因子DSIFと協調して働くNELFを精製・同定した。NELFは分子量の異なる5つのサブユニットからなり、RNAポリメラーゼIIに直接結合してmRNA合成速度を低下させる。RNAポリメラーゼIIのCTDがリン酸化されるとDSIFとNELFは転写伸長反応を抑制しないことから、CTDのリン酸化によって転写伸長反応が制御されることを分子レベルで証明した。

Yamaguchi Y, Wada T, Watanabe D, Takagi T, Hasegawa J and Handa H: Structure and function of the human transcription elongation factor DSIF. J Biol Chem 274: 8085-8092, 1999.　
DSIFのサブユニットの一つヒトSpt5の欠失変異体を作製しDSIF活性に責任のあるドメインを解析した。その結果、転写阻害にはヒトSpt4結合ドメインとそれに続くRNA結合ドメインが重要であることがわかった。

Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Watanabe D and Handa H: Evidence that P-TEFb alleviates the negative effect of DSIF on RNA polymerase II-dependent transcription in vitro. EMBO J 17: 395-7403, 1998.　
タンパク質のセリン・スレオニン残基にリン酸基を転移する酵素P-TEFbが、RNAポリメラーゼIIの最大サブユニットのカルボキシル末端ドメイン（CTD）のリン酸化を介してDSIF依存的転写伸長反応抑制を解除することを分子レベルで証明した。よって、DRBはP-TEFb活性を特異的に阻害することにより転写伸長阻害を誘導することが明らかとなった。

Yamaguchi Y, Wada T, Suzuki F, Takagi T, Hasegawa J and Handa H: Casein kinase II interacts with bZIP domains of several transcription factors. Nucleic Acids Res 26: 3854-3861, 1998.　
転写因子ATF/E4TF3とカゼインキナーゼIIがラテックス粒子を用いたアフィニティー精製により共精製されるのでその原因を解析したところ、カゼインキナーゼIIはATF/E4TF3に保存されているDNA結合ドメインbZIP構造に特異的に結合することがわかった。

Hartzog GA, Wada T, Handa H and Winston F: Evidence that Spt4, Spt5, and Spt6 control transcription elongation by RNA polymerase II in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev 12: 357-369, 1998.
出芽酵母で遺伝学的に転写関連因子として同定されていたSpt4、Spt5およびSpt6がRNAポリメラーゼIIと相互作用して転写伸長反応を制御する活性を有する因子である証拠を得た。

Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Ferdous A, Imai T, Hirose S, Sugimoto S, Yano K, Hartzog GA, Winston F, Buratowski S and Handa H: DSIF, a novel transcription elongation factor that regulates RNA polymerase II processivity, is composed of human Spt4 and Spt5 homologs. Genes Dev 12: 343-356, 1998.
RNAポリメラーゼIIによる転写伸長反応を特異的に阻害するATP類似体DRB を用いたケミカルバイオロジーにより、DRBの転写阻害に関与する転写因子DSIFを精製した。DSIFは、ヒトSpt5とSpt4の2つのサブユニットからなり、RNAポリメラーゼIIに直接結合して伸長反応を阻害する活性と、反対に伸長反応を促進する活性を有することを発見した。

Murakami M, Sonobe MH, Ui M, Kobayashi Y, Watanabe H, Wada T, Handa H and Iba H: Phosphorylation and high level expression of Fra-2 in v-src transformed cells; a pathway of activation of endogeneous AP-1. Oncogene 14: 2435-2444, 1997.
癌遺伝子v-srcで形質転換されたトリ胚性繊維芽細胞中の転写因子Fra-2はキナーゼERK2によりリン酸化されると同時に、v-srcはfra-2遺伝子の発現量も増加させる活性を有することがわかった。

Wada T, Takagi T, Yamaguchi Y, Kawase H, Hiramoto M, Ferdous A, Takayama M, Lee KAW, Hurst HC and Handa H: Copurification of casein kinase II with transcription factor ATF/E4TF3. Nucleic Acids Res 24: 876-884, 1996.　
独自に開発したラテックス粒子を用いて転写因子ATF/E4TF3をアフィニティー精製すると、精製画分中にカゼインキナーゼIIが共精製されることがわかった。

Shimada H, Wada T, Handa H, Ohta H, Mizouchi H, Nishimura K. Masuda T, Shioi Y and Takayama K: A transcription factor with leucine-zipper motif involved in light-dependent inhibition of expression of the puf operon in the photosynthetic bacterium Rhodobacter sphaeroides. Plant Cell Physiol 37: 515-522, 1996. 　　

Shiroya T, Hatakeyama M, Watanabe H, Wada T, Handa H, Fujimoto K, and Kawaguchi H: Purification of transcription factor IIA using yeast TATA-binding protein affinity latex particles. Inter J Bio-Chromat 1: 191-198, 1995.

Wada T, Watanabe H, Kawaguchi H and Handa H: DNA affinity chromatography. Methods Enzymology 254: 595-604, 1995.
ラテックス粒子表面にDNAを固定化し、転写因子を簡便に粗細胞抽出液から短時間で精製できる方法を紹介した。

Sumi Y, Shiroya T, Fujimoto K, Wada T, Handa H and Kawaguchi H: Application of cationic latex particles for protein separation. Colloids. Surfaces B: Biointerfaces 2: 419-427, 1994.

Hayashida N, Sumi Y, Wada T, Handa H and Shinozaki K: Construction of a cDNA library for a specific region of a chromosome using a novel cDNA selection method utilizing latex particles. Gene 165: 155-161, 1995.
シロイズナズナのゲノミックcDNAをラテックス粒子上に固定化し、これとハイブリダイズするDNAを迅速に単離してクローニングする方法を報告した。　

Sueyoshi T, Kobayashi R, Nishio K, Aida K, Moore R, Wada T, Handa H and Negishi M: A nuclear factor (NF2d9) that binds to the male-specific P450 (Cyp 2d-9) gene in mouse liver. Mol Cell Biol 15: 4158-4166, 1995.
オスのマウスの肝臓で特異的に発現するP450遺伝子Cyp2d-9のプロモーター領域内の特異塩基配列SDI-A1に結合する転写因子NF2d9をアフィニティー精製すると、それがマウスCP2やヒトLBP-1aと相同性の高い遺伝子にコードされていることがわかった。

Inomata Y, Wada T, Handa H, Fujimoto K and Kawaguchi H: Preparation of DNA-carrying affinity latex and purification of transcription factors with the latex. J Biomater Sci Polym Ed 5: 293-302, 1994.
独自に開発したラテックス粒子を用いたDNA結合性タンパク質のアフィニティー精製法を紹介した。

Ma MD, Watanabe H, Mermelstein F, Admon A, Oguri K, Sun S, Wada T, Imai T, Shiroya T, Reinberg D and Handa H: Isolation of a cDNA encoding the largest subunit of TFIIA reveals functions important for activated transcription. Genes Dev 7: 2246-2257, 1993.
転写の活性化に重要な役割を果たす基本転写因子ヒトTFIIAを構成する最大サブユニットのcDNAを世界で最初に単離することに成功した。

Hashimoto T, Morohashi K, Takayama K, Honda S, Wada T, Handa H and Omura T: Cooperative transcription activation between Ad1, a CRE-like element, and other elements in the CYP11B gene promoter. J Biochem 112: 573-575, 1992.
Y-1細胞を用いたレポーター遺伝子発現解析により、CYP11Bプロモーター内のCREに類似したAd1サイトとAd3およびAd4サイトがcAMP応答に協調して作用することを報告した。

Inomata Y, Kawaguchi H, Hiramoto M, Wada T and Handa H: Direct purification of multiple ATF/E4TF3 polypeptides from HeLa cell crude nuclear extracts using DNA affinity latex particles. Anal Biochem 206: 109-114, 1992.
独自に開発したラテックス粒子の表面に転写因子ATF/E4TF3の結合配列を固定化し、HeLa細胞核抽出液から直接、複数のポリペプチドから成るATF/E4TF3を簡便に精製する方法を報告した。

Wada T, Watanabe H, Usuda Y and Handa H: Different biological activities of the hetero- and homodimers formed by the 47- and 43-kilodalton proteins of transcription factor ATF/E4TF3. J Virol 65: 557-564, 1991.
HeLa細胞核抽出液から転写因子ATF/E4TF3を精製すると、生物活性の異なる47kDaと43kDaのヘテロ2量体から構成されることがわかった。

Imai T, Kawaguchi H, Wada T and Handa H: E1A gene products stimulate in vitro transcription from the adenovirus early region 4 promoter by enhancing a stable preinitiation complex. Virus Genes 5: 47-55, 1991.
アデノウイルスがコードするE1Aタンパク質は、アデノウイルスE4遺伝子の転写開始前複合体形成を促進して試験管内転写反応を活性化することがわかった。

Watanabe H, Wada T and Handa H: Transcription factor E4TF1 contains two subunits with different functions. EMBO J 9: 841-847, 1990.
HeLa細胞核抽出液中から転写因子E4TF1を精製すると、機能の異なる2つのサブユニット（１つはDNA結合ドメインを有し、他方は転写活性化ドメインを有する）から構成されていることがわかった。

Wada T, Nogi Y, Handa H and Fukasawa T: Strain-specific lethal effect of the adenovirus E1a protein on Saccharomyces cerevisiae. Biochem Biophys Res Commun 170: 470-476, 1990.
出芽酵母でヒトに感染するアデノウイルスのコードするE1aタンパク質を高発現させると、ある種の酵母株では特異的な致死効果が観察された。

Kawaguchi H, Asai A, Ohtsuka Y, Watanabe H, Wada T and Handa H: Purification of DNA-binding transcription factors by their selective adsorption on the affinity latex particles. Nucleic Acids Res 17: 6229-6240, 1989.
スチレンをコアとしグリジジルメタクリレイトでコートされた独自のラテックス粒子の表面に転写因子E4TF3が結合するDNAを固定化し、HeLa細胞抽出液よりE4TF3をアフィニティー精製した。

Abe A, Wada T, Handa H, Nogi Y and Fukasawa T: Efficient usage of a galactose-inducible expression vector for the production of heterologous protein in yeast. Agric Biol Chem 52: 2035-2041, 1988.
ヒトに感染するアデノウイルスがコードするE1aタンパク質を分裂酵母でガラクトースで誘導発現できるベクターで効率的に発現させた。

Handa H, Toda T, Tajima M, Wada T, Iida H and Fukasawa T: Expression of the human adenovirus E1a product in yeast. Gene 58: 127-136, 1987.
ヒトに感染するアデノウイルスのコードするE1a タンパク質を分裂酵母で発現させた。

Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: Interplay between positive and negative elongation factors: drawing a new view of DRB. Genes Cells 3: 9-15, 1998.
我々の実験結果に基づき、DRBの転写伸長反応阻害メカニズムを提唱した。

Yamaguchi Y, Narita T, Inukai N, Wada T　and Handa H: SPT genes: key players in the regulation of transcription, chromatin structure and other cellular processes (review). J Biochem 129: 185-191, 2001.
我々の発見したDSIFとNELFに関するこれまでの研究成果を総説として報告した。

Kim DK, Yamaguchi Y, Wada T and Handa H: The regulation of elongation by eukaryotic RNA polymerase II: a recent view. Mol Cells 11: 267-274, 2001.
RNAポリメラーゼIIによる転写伸長反応に関してまとめた。

Handa H, Yamaguchi Y and Wada T: Purification of DNA-binding proteins. High Resolution Chromatography, A Pratical Approach edited by Paul Millner: 283-301, Oxford University Press, USA, 1999.
我々が開発したラテックス粒子にDNAを固定化する方法を従来のセファロースに固定化する方法と比較しながら解説し、実際に転写因子ATF/E4TF3をHeLa細胞核抽出液から精製した際の諸条件や操作方法を紹介した。

和田忠士, 半田宏: アデノウイルスの転写調節. 生物物理 32: 16-20, 1992.

和田忠士, 山口雄輝, 半田宏： mRNA合成速度の分子スイッチ. 蛋白質核酸酵素　48: 9-17, 2003.